Trường THCS Nguyễn Văn Trỗi, phường Hạnh Thông, TPHCM được thành được thành lập vào năm học 1983-1984, tiền thân là trường Phổ thông cơ sở cấp 1, 2 Nguyễn Văn Trỗi đặt tại số 36 Nguyễn Thượng Hiền - phường 1 - quận Gò Vấp (nay là 36 Nguyễn Thượng Hiền, phường Hạnh Thông).
Năm 1995-1996, theo chủ trương tách cấp của Bộ Giáo dục và Đào tạo, trường Phổ thông cơ sở cấp 1, 2 Nguyễn Văn Trỗi được tách thành hai trường: Trường tiểu học Nguyễn Thượng Hiền đặt tại cơ sở 36 Nguyễn Thượng Hiền, phường 1, quận Gò Vấp và Trường THCS Nguyễn Văn Trỗi đặt tại số 112/24 Nguyễn Thái Sơn, phường 3, quận Gò Vấp.
Vượt qua những ngày đầu gian khó, từ năm học 1995-1996 đến nay, số học sinh cấp THCS mà nhà trường thu nhận đã tăng nhanh từ 1600 học sinh vào năm học 1995 - 1996, đến nay sĩ số học sinh bốn khối lớp là hơn 1800 học sinh. Trong đó cá biệt, có những năm học sĩ số học sinh đã lên đến 2600 học sinh. Đội ngũ sư phạm nhà trường hiện nay có hơn 90 cán bộ quản lý, giáo viên và nhân viên.
Nhà trường có 2 cơ sở với tổng cộng 29 phòng học, 03 phòng chức năng, 02 phòng máy vi tính với tổng số máy lên đến 100 máy, có nối mạng internet. Nhà trường cũng đã trang bị được 33 màn hình LCD có nối mạng internet tại các lớp.
Từ ngày 01/7/2025, thực hiện chính quyền 2 cấp, nhà trường được tổ chức lại trực thuộc sự quản lý của UBND phường Hạnh Thông, TP Hồ Chí Minh. Trước những vận hội mới của đất nước, bước vào kỷ nguyên vươn mình của dân tộc, đội ngũ sư phạm nhà trường quyết tâm đoàn kết, đồng lòng, phát huy tinh thần trách nhiệm cao đối với việc thực hiện mục tiêu giáo dục nhà trường, giữ vững thành tích trong công tác giảng dạy và học tập, góp phần làm phát huy truyền thống của đất học Gò Vấp xưa.